Putra dari KH Ilyas dan simbah nyai Hj.sholihah, lahir pada tanggal 11 januari 1932 di desa Pesawahan. Ayahnya, KH Ilyas adalah seorang kepala desa yang disegani karena ketegasannya dan kedermawanannya. Sebagai tokoh desa dan juga hartawan, KH Ilyas dikenal sangat dekat dengan para ulama. Beliau dikenal muhibbin, orang yang dekat dan senang bergaul dengan para ulama. Hal ini antara lain ditunjukkan dengan seringnya beliau bersilaturahim, sowan ke kyai-kyai yang masyhur pada zaman itu. Begitu pula para habaib, biasa rawuh ke ndalem beliau untuk mendoakan dan memberi berkah.
Kesholehan KH Ilyas sebagai tokoh agama juga dikenal masyarakatnya, dimana beliau sangat tegas dan bijak dalam mengajak maasyarakatnya untuk sholat lima waktu. Selain itu melalui zakat mal, beliau juga berupaya mengentaskan kesulitan ekonomi masyarakat sekitar dan sekaligus menjadi media dakwah. Kedekatan KH ilyas dengan masyarakat juga terlihat dimana banyak masyarakat sekitar yang apabila mengalami masalah baik ekonomi auatupun lainnya datang kepada beliau untuk mencari solusi.
Kecintaan KH Ilyas juga ditunjukkan dengan mengirim putra-putra beliau ke pesantren, diantaranya adalah KH Amir dan KH zaini Ilyas. KH zaini ilyas adalah putra terakhir KH Ilyas yang saat ini menjadi pengasuh PP Miftahul Huda Pesawahan.
Setelah ngaji ala kampung, pada tahun 1947 KH zaini Ilmyas muda dipondokkan oleh ayahnya di PP Mafatihul Huda Jampes Kediri untuk berguru pada Syekh Ikhsan. Setahun berada di sana, ibu tercinta meninggal dunia, hingga akhirnya beliau pulang ke rumah untuk beberapa waktu.
Setelah ditinggal ibunda tercinta, KH Zaini Ilyas muda di kirim lagi ke pesantren oleh ayahnya. Kali ini di pilihlah Pondok Pesantren al Ihya ulumaddin Kesugihan untuk berguru pada KH Badawi Hanafi, tokoh ulama dan mursyid thorikoh yang masyhur kala itu di daerah Cilacap dan Banyumas, yang kemudian hari menjadi ayah mertuanya. Di kesugihan, beliau mesantren selama 3 tahun. Ketika mesantren disini, sudah terlihat kecerdasan dan kengaliman beliau. Diantaranya beliau ngaji sampai kelas alfiyah dimana tidak banyak teman sebayanya yang mencapai kelas ini. Bahkan, oleh guru nahwunya, yaitu kyai Hadi, beliau sering diminta mbadali ngajar nahwu, baik alfiyah maupun lainnya ketika kyai hadi yang merupakan pengurus pondok saat itu, berhalangan.
Bukan hanya itu, keistimewaan KH Zaini Ilyas muda kemudian diketahui oleh putra pengasuh pondok, yaitu oleh K Muhammad Badawi yang menceritakan perihal prestasi KH Zaini ilyas muda pada ayahnya. Alhasil, oleh KH Badawi Hanafi, KH Zaini Ilyas muda ditimbali khusus kemudian di beri kesempatan untuk ngaji langsung pada beliau.
Setelah tiga tahun belajar di pondok kesugihan pada KH Badawi Hanafi, KH Zaini Ilyas kembali meneruskan perjalanan mesantrennya dengan kembali lagi ke jampes untuk kembali berguru pada Syeh Ikhsan. Beliau menghabiskan waktu tiga tahun mesantren pada syeh ihsan. Di jampes, Pendidikan yang ditempuh sampai tingkat Aliyah. Disini pun, keistimewaan KH Zaini mencuri perhatian para pengasuhnya. Diantaranya adalah beliau langsung diminta untuk ikut menjadi pengajar di pesantren tersebut. Bahkan oleh gus Muhammad, putra syekh Ikhsan, KH zaini Ilyas ditunjuk langsung untuk menjadi lurah pondok.
Selama di jampes, KH zaini ilyas juga pernah ngaji jolok ilmu falak pada Kyai masduki yang merupakan alumni pondok jampes, secara jolok yaitu di laju dari pondok jampes ke ndalemnya kyai masduki di desa Minggiran yang berjarak kurang lebih tiga kilometer dari jampes.
Saat masih di Jampes, KH Zaini Ilyas mendengar cerita tentang sosok kyai Masduki, pengasuh Pondok Pesantren al-Islah Lasem yang dikenal sangat alim, ahli hadist dan juga ahli tafsir. Di gambarkan, jika sedang mengaji semua kitab tafsir diterangkan dengan hapal dan gambling oleh beliau. Kyai masduki adalah alumni pondok tremas. Selain sangat alim, beliau adalah saudagar sukses yang sukses pula membangu pondoknya saat itu. Beliau juga terkenal kewaliannya. Banyak cerita-cerita tentang kewaliyannya beredar. Bahkan, diantaranya KH Zaini Ilyas sendiri pernah membuktikan. Dimana saat KH Zaini Ilyas merasa ada sedikit kekurang sreg-an dengan Kyai Masduki yang sedikit memunculkan suudzon, KH zaini Ilyas langsung dimimpikan dimana KH Masduki tidak kerso salaman. Hal ini kemudian menjadi pelajaran berharga bagi beliau dimana belajar dan mondok harus menata niatnya, harus husnudzon pada guru agar memperoleh ridlo guru.
Di lasem, beliau cukup lama, yaitu kurang lebih 5 tahun. Selama di Lasem, beliau pun pernah mengaji kilatan puasaan ke kediri yaitu ngaji pada kyai Zuweni Nuh di Pare Kediri yang merupakan alumni tebuireng. Dua kali kilatan puasa di sana khusus untuk ngaji kitab shohih bukhori pada kali waktu, dan kitab shohih muslim pada waktu lain.
Setelah lima tahun di Jampes, beliau kembali ke pondok kesugihan. Di sinilah kemudian, KH Zaini Ilyas menutup masa lajangnya dengan menikahi putri kyai nya yaitu, Ny.Hj.Mutasingah Badawi. KH Badawi Hanafi yang sudah akrab dengan KH Ilyas, kemudian asepakat menjodohkan putra-putri mereka, sampai beberapa kali rembukan acara pernikahan. Pada suatu hari, yaitu hari kamis, pada saat rembuk acara pernikahan berlangsung, tiba-tiba kyai Badawi ngendika supaya rembukan tersebut harus selesai, karena beliau tidak akan menangi. Dan ternyata keesokan harinya kyai Badawi wafat. Sehingga pada kemudian hari pernikahan putrinya di walikan oleh KH Mustholih Badawi, kakak dari Ny. Hj.Mutasingah.
Setelah menikah, KH Zaini ilyas belum langsung boyong, baru setelah 3 tahun, yaitu tahun 1963 beliau memboyong istrinya yang juga putri kyainya, yaitu Ny.Hj.Mutasingah Badawi ke desa Pesawahan. Seboyongnya KH Zaini Ilyas ini, ada beberapa santri kesugihan yang ikut yang kemudian menjadi cikal bakal santri dari pesantren Miftahul Huda kelak. Diantara santri yang pertama adalah kyai adzro’i dari jawa timur. Berjalannya dengan waktu, santri-santri dari KH Sya’roni pondok sidamulih yang secara letak geografis adalah tetangga desa, banyak yang jolok ngaji ke KH Zaini Ilyas. Diantara santri-santri jolok tersebut ada Prof mubarok, Prof Wahib mu’thi alm. Lambat laun santri dari berbagai daerah datang untuk ngaji pada beliau. Pesantrennya pun kemudian berkembang dengan nama pondok pesantren Miftahul Huda Pesawahan.
Demikian perjalanan beliau KH Zaini Ilyas yang mengawali berdirinya pondok pesantren Miftahul Huda Pesawahan
